Paraphysen sind sterile Hyphen, zwischen die die Asci einwachsen. Ihre Endzellen sind häufig keulig oder kopfig verdickt und bei manchen Arten pigmentiert. Die Verzweigung der Paraphysen variiert stark. Sie sind fast immer deutlich oder undeutlich septiert. Die Fäde können unverzweigt sein und dicht nebeneinander stehen, wie Palisaden oder sie bilden ein lockeres bis dichtes Netzwerk aus reich verzweigten und verbundenen (anastomosierenden) Hyphen.
Paraphyse von Xanthoria elegans
Paraphyse von Caloplaca holocarpa
Paraphyse von Xanthoria parietina